Itachi é ressucitado pelo Edo Tensei de Kabuto junto com Nagato, e estes dois são mantidos na retaguarda. Porém, após Naruto fugir com Killer Bee do esconderijo onde estavam lhe mantendo, Itachi e Nagato acabam se encontrando com os dois. Nagato fala que Naruto está diferente, e este diz que é o Modo Kyuubi, porém Nagato diz estar se referindo à sua expressão. Itachi pergunta como está Sasuke, e Naruto conta tudo o que aconteceu, e como Sasuke pretende destruir Konoha. Itachi culpa então Madara e diz que tudo ele disse era verdade. Então ocorre uma luta entre os quatro, e quando Itachi vai usar Amaterasu, Naruto libera o poder que Itachi lhe havia dado antes. Um corvo negro sai da boca de Naruto e liberta Itachi do controle de Kabuto. Itachi explica que esse corvo continha o Mangekyou Sharingan de Uchiha Shisui, o qual Itachi tinha ganhado dele antes de morrer (o outro olho foi retirado por Danzou, não se sabe quando). Itachi não poderia usar o olho, então guardou por muito tempo, e quando pode, deu o poder a Naruto, com o jutsu Kotoamatsukami que permite o usuário controlar a mente de um oponente, e Itachi, prevendo que Sasuke transplantasse os seus olhos para si, deixou o olho programado para fazer o usuário do Mangekyou de Itachi defender Konoha, assim que Naruto entrasse em contato com esse Mangekyou. O poder também só poderia ser usado de 10 em 10 anos, a não ser que o usuário tenha o poder do clã Senju. Após isso, Nagato sugou o chakra de Killer Bee e pegou o poder do Rikudou de Naruto, e tornou-se completo de novo.