Ao término da batalha dos irmãos Uchiha, Zetsu se dirige ao local da batalha entre Tobi e um time da Vila Oculta da Folha (Naruto Uzumaki, Kakashi Hatake, Sakura Haruno, Sai, Shino Aburame, Hinata Hyuuga,Yamato, Kiba Inuzuka com Akamaru) e avisa-o do término da batalha, dizendo que Itachi Uchiha estava morto e que Sasuke Uchiha havia vencido, mas que esta seriamente ferido. Zetsu e Tobi se dirigem aoTemplo Uchiha, Tobi pergunta se Zetsu havia gravado toda a batalha, e Zetsu confirma, e partem para o esconderijo da Akatsuki.^[24]

Sasuke é levado para o esconderijo da Akatsuki, Tobi revela sua identidade, falando que também é um Uchiha sobrevivente e que contará tudo sobre Itachi, revelando parte do seu rosto aparecendo o sharingan no seu olho direito quando Sasuke vê o olho de Tobi seu olho esquerdo ativa o sharingan e no mesmo momento o Mangekyou Sharingan se molda no olho de Sasuke, o ombro esquerdo de Tobi esta sendo consumido pelas chamas negras do Amaterasu, Tobi rapidamente escapa e Sasuke desfaz o jutsu. Tobi responde que aquilo foi o Amaterasu que Itachi implantou em Sasuke para matar Tobi ou pelo menos para manter-lo longe de Sasuke e complementa que Itachi fez isso para funcionar assim que entrasse em contato com seu sharingan, ativando o Amaterasu automaticamente. Tobi explica mais detalhadamente que Itachi em seus últimos momentos de vida ele canalizou os poderes de seus olhos e os transferiu para Sasuke, que sem entender o porquê retruca que Itachi não tinha o porquê fazer isso, Tobi então pergunta: "você ainda não entendeu?" "isso foi para te proteger Sasuke".^[25]

Tobi diz que à aparição da Kyuubi a 16 anos mudou a vida de Itachi, pois somente os poderes oculares dos Uchihas são capazes de controlá-la, como as suspeitas caíram sobre os Uchihas, a segurança teria de ser mais forte do que apenas a ANBU, as terras do clã foram remanejadas para um local extremo da vila, para melhor organizar a vigia sobre os Uchihas, mas os Uchihas estavam se organizando secretamente para um “Golpe de Estado” Fugaku pai de Sasuke e Itachi era o cérebro por trás do golpe. Itachi foi escolhido como espião de Vila da Folha, agindo como um “agente duplo” ele espionava o clã para Vila da Folha.^[26][27]

E para evitar uma guerra interna que causaria danos catastróficos pelo fato do clã Uchiha ser muito poderoso, tendo a possibilidade das outras nações invadirem o País do Fogo, causando uma nova guerra mundial, Itachi aceita a missão, ele não traiu o clã, ele simplesmente não tinha alternativa, a exclusão da vila e uma guerra ou a origem de seu clã, e ele fez sua escolha.^[26][27] Itachi descobriu Madara, este já tinha ódio pela vila e pelos Uchihas, Itachi lhe fez um ultimato, Itachi ajudaria Madara com sua vingança contra os Uchihas, mas ele não deveria fazer nada contra a vila, Madara aceitou.^[26][27] A chacina realizada por Itachi ocorreu sob ordens de Vila da Folha, somente quatro pessoas sabiam a verdade sobre Itachi, Hiruzen Sarutobi, Danzou e os conselheiros Homura e Koharu, além do próprio Madara. Antes desta ordem Sandaime Hogake tentou impedir de todas as maneiras possíveis, além de ser o único que desaprovou a ordem contra os Uchihas e tentou fazer uma reconciliação entre Vila da Folha e o clã, mas, já era tarde demais.^[26][27] A ordem foi executada e Itachi implorou ao Hokage que Sasuke nunca soubesse da verdade e que o protege-se de Danzou e os outros. Após a morte do Sandaime, Itachi voltou rapidamente para vila para avisar a Danzou e seus conselheiros que: "Ainda estou vivo".^[26][27] Mas Itachi também tinha um plano para seu irmão, pois para Itachi a vida de Sasuke era mais importante que a vila: ele queria que Sasuke o matasse. Devido a uma doença Itachi não teria muito tempo e este foi o momento certo, sua vontade era de morrer pelas mãos de seu irmão, para que ele despertasse o Mangekyou Sharingan, recebesse os doujutsus de Itachi, estivesse forte o bastante para se proteger quando Itachi morresse, e que ele fosse visto por Vila da Folha como um herói.Mais tarde perto da 4ª Guerra Ninja Itachi é ressuscitado por Kabuto para auxiliar Madara na Guerra. ^[26][27]