Posteriormente, quando os times Kakashi, Kurenai (sem Kurenai Yuuhi, por causa de sua gravidez) e Yamato saem em busca de Itachi Uchiha (visando encontrá-lo antes deSasuke Uchiha), Yakushi Kabuto encontra Naruto Uzumaki, Hinata Hyuuga e Yamato. Ele entrega um Bingo Book com alguns membros da Akatsuki e também revela que incorporou parte da alma de Orochimaru a seu corpo.

Na luta de Sasuke Uchiha e Itachi Uchiha, Sasuke Uchiha usa tanto chakra, que Orochimaru se liberta de dentro da invocação de Sasuke Uchiha (Yamata no Jutsu) masItachi Uchiha acaba selando Orochimaru através do Susanoo. Sua morte não é certa, pois mesmo depois de selado, ainda restou a parte de sua alma incorporada a Yakushi Kabuto.