Elfen Lied gira em torno das interações, ideias, emoções e discriminações entre humanos e Diclonius, uma espécie mutante parecida com os humanos na forma, mas distinguíveis por dois chifres na cabeça e pelos “vectors”, braços transparentes controlados mentalmente que têm o poder de manipular e cortar objetos dentro do alcance. A série é focada na jovem Diclonius “Lucy”, que foi rejeitada pelos humanos e consequentemente alimenta uma vingança contra eles.