O mangá One Piece é formado por diversas "sagas", sendo cada uma composta por "arcos". A história começa no East Blue (Leste azul), para então seguir as aventuras dos Piratas do Chapéu de Palha através de sua jornada na Grande Rota. Até o momento, a história pode ser dividida em oito sagas principais:

East Blue

Aqui começa a aventura de Monkey D. Luffy. Conhecemos o Pirata Shanks, o Ruivo e como Monkey D. Luffy conseguiu seus poderes. É também nesta fase que ele começa a juntar sua tripulação, reunindo Zoro, Nami, Usopp e Sanji. Enfrenta inimigos poderosos, como: Alvida, Buggy, Kuro, Don Krieg e Arlong. Antes de sair dessa saga, ainda conhecemos o Smoker e Tashigi (Ambos da Marinha), além de mostrar uma pequena ação do Pai de Luffy (Monkey D. Dragon), mas sem revelar sua identidade ou objetivo. Há também a primeira aparição de um Shichibukai, o espadachim chamado Mihawk "Olhos de Falcão" que é desafiado por Zoro, que por sua vez, perde facilmente. No mangá vai do capítulo 1 ao 101 e no anime do episódio 1 ao 61.
Arcos:

• Morgan
• Buggy, o Palhaço
• Kuro
• Baratie
• Arlong
• Pequeno Buggy (Coleção de capas)
• Loguetown
• Dragão Milenar (Filler)

Baroque Works

Entrando na Grande Rota, o bando do Chapéu de Palha se depara com a organização criminosa "Baroque Works". Nela está infiltrada a princesa Nefertari Vivi, que descobre o real objetivo deles: dominar seu reino, Alabasta. Por trás deste plano está o Shichibukai Sir Crocodile, que deseja criar uma guerra civil para atingir um objetivo ainda maior. Todo o bando de Luffy corre contra o tempo para evitar que isso aconteça, tendo como missão derrotar a organização e impedir Crocodile. Nessa fase eles passam primeiro por Whiskey Peak, o "ninho" dos Baroque Works. Depois, passam por Little Garden, onde vemos a luta de Dorry e Broggy, os gigantes onde Luffy e seu bando vencem novamente Mr. 05 e Miss Valentine (estes que já haviam sido derrotados anteriormente em Whiskey Peak) e também o casal Mr. 03 e Miss Golden Week. Também passam pela Ilha Drum, onde o Chopper entra para o bando do Chapéu de Palha. Depois, partem para Alabasta onde vencem Crocodile e todo o restante da Baroque Works. É no final desta fase que Nico Robin entra para a equipe. No mangá, vai do capítulo 102 ao 216 e no anime, do episódio 62 ao 135.
Arcos:

• Laboon
• Whiskey Peak
• Coby/Meppo (Coleção de capas)
• Little Garden
• Drum
• Alabasta
• Neblina Arco-Íris (Filler)

Ilha do Céu

Essa saga começa com o Log Pose (bússola registradora) apontando que a próxima ilha estava acima deles. Luffy teria como destino a Ilha do Céu, Skypiea, mas primeiro vai para Jaya, onde encontram os piratas de Bellamy a hiena (que mais tarde se descobre que eram ligados a um Shichibukai, o DonQuixote DoFlamingo) e se encontra também com o pirata Barba Negra (Marshall D. Teach). Logo depois obtém as informações de que a ilha no céu realmente existe. O que à primeira vista parece ser um paraíso, logo se transforma em uma imensa batalha. A ilha é dominada pelo insano God Enel, que se considera um Deus e usa seus poderes para criar Maxim, um navio de ouro voador, e logo em seguida tentar destruir toda a Ilha. Nesta saga são apresentados dois Shichibukais (Donquixote Doflamingo e Bartolomew Kuma), Sengoku (Comandante máximo da Marinha), Gorousei, Edward Newgate (Barba Branca) e os Piratas Barba Negra. Descobrimos mais sobre os Poneglyphs e que Gol D. Roger, o Rei dos Piratas, conseguia lê-los por ter o poder de "ouvir as coisas". No mangá, vai do capítulo 217 ao 302 e no anime do episódio 136 ao 206.
Arcos:

• Jaya
• Skypiea
• G8 (Filler)

Enies Lobby

Voltando da Ilha do Céu, após escaparem da base da marinha G8, depois de uma breve partida de Davy Back Fight contra os piratas Foxy, Nico Robin é obrigada a deixar o bando em Water Seven, uma ilha coberta d'água (como Veneza), e levada para a corte de Enies Lobby para assim ser julgada e condenada. Luffy não aceita isso e vai atrás de sua companheira para resgatá-la. Somos então apresentados ao Spandam (chamado "Spanda", por alguns personagens, em alusão às marcas escuras que ele possui em volta dos olhos que parecem de um panda), chefe do Cipher Pol 9 (CP9), que é o vilão por trás de tudo isso, e também aos 7 CP9, que são os únicos que possuem permissão do Governo para matar e podem usar os Rokushiki; São eles: Kalifa, Fukurou, Kumadori, Blueno, Jabura, Kaku e Rob Lucci. Outros personagens que aparecem são Aokiji (Almirante da Marinha) e Monkey D. Garp (Vice-Almirante da Marinha e avô de Luffy). No mangá vai do capítulo 303 ao 439 e no anime, tem início no episódio 207 e vai até o episódio 325. É nesse arco da história que Franky constrói o novo barco do grupo, batizado Thousand Sunny e entra para a tripulação dos Chapéu de Palha.
Arcos:

• Davy Back Fight
• Oceano dos Sonhos (Filler)
• Water Seven
• Enies Lobby
• Thousand Sunny (Parcialmente Filler)

Thriller Bark

O bando de Luffy parte de Water Seven com um novo membro e um novo barco, rumo à Ilha dos Gyojin (Tritões). No mangá se inicia no capítulo 440 e termina no capítulo 489, indo, no anime, do episódio 326 até o 381. Após a saída de Enies Lobby, os "Chapéu de Palha" entram numa zona conhecida como Florian Triangle. Lá, encontram um navio fantasma onde Luffy conhece Brook, um esqueleto falante sem sombra e acabam entrando, acidentalmente, em Thriller Bark, o maior navio do mundo, que mais parece uma ilha. Lá encontram novos inimigos, como Doutor Hogback, Perona, Absalom e um novo Shichibukai, Gecko Moria, usuário portador da Kage Kage no Mi (Fruta da Sombra), o qual revive o monstro Oz usando a sombra de Luffy. Após Luffy vencer Moria, um novo Shichibukai aparece, Bartholomew Kuma, que pretende matar a todos, explodindo Thriller Bark. Mas Zoro oferece sua vida para que Kuma não acabe com a vida de Luffy que está desacordado, extremamente machucado e exausto. Kuma atende a seu pedido. Transferindo toda a dor e exaustão de Ruffy à Zoro, Kuma vai embora. Brook revive suas memórias com a baleia Laboon e se junta à tripulação de Ruffy.
Arcos

• Ice Hunter (Filler)
• Thriller Bark

Guerra de Marineford

Luffy e seu bando chegam à "Red Line", a metade do caminho da Grand Line. O bando do Chapéu de Palha conhece a sereia Camie e reencontra o tritão Hachi, o qual é amigo de Camie que foi sequestrado pelo grupo dos Tobiou Riders. Resgatando Hachi de Duval, homem que queria matar Sanji por ter o mesmo rosto do cartaz de recompensas do cozinheiro, o bando parte ao Arquipélago Sabaody, onde conhecem os Tenryuubitos, os nobres mundiais. Camie acaba sendo sequestrada e a tripulação corre para resgatá-la antes que ela seja vendida como escrava. Enfrentando o Tenryuubito que comprou Camie, Luffy acerta um soco em seu rosto, chocando a todos, e com isso sendo chamado um Almirante para capturar os Piratas do Chapéu de Palha. Quando encontram novamente o Shichibukai Kuma, o bando enfrenta o Almirante Kizaru e Sentoumaru, sendo inteiramente derrotados só pelo Shichibukai. Separados um por um, Luffy é enviado à Amazon Lily, uma ilha habitada apenas por mulheres guerreiras. Neste momento da saga, o último dos 7 Shichibukai que ainda não havia sido apresentado foi revelado: é a "Imperatriz Pirata" Boa Hancock (considerada a mulher mais bonita de todo o mundo), que acaba se apaixonando por Luffy. E com sua ajuda, Luffy decide primeiro resgatar Ace - que havia sido capturado e estava para ser executado publicamente pela Marinha, antes de se reencontrar com seus companheiros perdidos Após isto Luffy invade a prisão submersa de Impel Down, Luffy causa uma situação de alarde jamais vista pelo mundo, ajudando vários prisioneiros a escapar. Até agora com a ajuda de velhos conhecidos (Buggy, Mr. 3, Mr. 2, Mr.1 e Crocodile) e novos personagens (Jimbe, um Shichibukai que faz sua primeira aparição na trama; Ivankov e Inazuma, membros do grupo dos Revolucionários), fujindo com Bon Clay (Mr. 2) se sacrificando para deixar os prisioneiros fugirem. Então Luffy e os prisioneiros vão para a ilha de Marineford, onde fica o quartel general da marinha, podemos ver muitos personagens novos como outros antigos, os três Almirantes: Kizaru (Borsalino), Aokiji (Kuzan) e Akainu (Sakazuki). Estão presentes, os Shichibukais, Gecko Moria, Mihawk, Boa Hancock, Dom Quixote DoFlamingo, Bartholomew Kuma. Estão presentes, junto com Sengoku - que faz revelações impressionantes para o mundo inteiro, como, por exemplo, que Ace é filho do Rei dos piratas Gold Roger ou que Luffy é filho do revolucionário Dragon - vários Vice-almirantes, Contra-Almirantes, Comodoros, Capitães e Tenentes. Nos últimos acontecimentos, Shirohige(Barba Branca) parte a ilha em 2 partes e Kurohige(Barba Negra) aparece na guerra, trazendo junto o seu bando (Agora com Shiryu Da Chuva, ex-diretor de Impel Down) e quatro outros presos famosos: Avalo Pizarro, Catarina Devon, Vasco Shot e San Juan Wolf. Barba Branca ataca Teach e, mesmo tendo seus poderes anulados, o acerta. Barba Negra manda toda a sua tripulação atirar em Shirohige, o que o deixa mortalmente ferido. Antes de morrer, porém, Edward Newgate diz a todos que estavam acompanhando aquela situação que o One Piece realmente existia, o que desperta a ira de Sengoku. Em seus últimos momentos também, em um flashback com Gol D. Roger, faz-se a revelação do motivo de Barba Branca nunca ter ido atrás do One Piece e dizia ele que não estava interessado em tesouros - nesse flashback também é revelada uma suposta dinastia dos "D." e que um dia os portadores desse sobrenome levantariam e com toda a raiva e vontade acumuladas por gerações declarariam guerra contra o mundo. Começa no Cap. 480 e vai até o capítulo 580. No anime começa no episódio 382 e termina no 516. No final desta saga, apos a morte de Ace, Luffy decide treinar com o Rayleigh e adiar a volta dos Chapéu de Palha em 2 anos. Nessa saga são apresentados novos personagens como os 11 Supernova: os 11 piratas novatos que chegaram até a Red Line, cada um com mais de 100 milhões em sua recompensa, sendo Luffy e Zoro dois dos 11; e Silvers Rayleigh, o antigo imediato da tripulação de Gol D. Roger.
Sagas:

• Sabaody
• Amazon Lily
• Impel Down
• Marineford
• Pós-Guerra

The New World

(Nome original divulgado pelo próprio mangaká) Dois anos após a batalha entre Barba Branca e a Marinha, a tripulação se reencontra em Sabaody. Na ilha, também se encontra uma tripulação que se passa pelos Mugiwara, que são mortos por Caribou e Coribou, dois novos super novas que pretendem capturar Luffy e os seus companheiros, que depois vem a descobrir que não seriam realmente o verdadeiro 'Bando do Chapéu de palha' após saberem que os verdadeiros acabariam de chegar a ilha de Sabody para se reunirem. É perceptível o aumento de força dos "Mugiwara", ao mostrar Zoro, Sanji e Luffy derrotarem dois pacifistas sem qualquer esforço ( tendo em conta que eles derrotam dois pacifistas que ja tinham enfrentado há dois anos atrás, portanto agora existem outros pacifistas com o dobro da força dos que eles enfrentam ).Durante estes dois anos o Kuma original protegeu o barco Sunny Go até que um dos membros dos Mugiwara chegasse, Franky também modificou o barco adicionando os channels 4 e 5.O bando está agora indo para a Ilha dos Tritões que se situa debaixo d'água. Após passarem por perigos submarinos, como um enorme Kraken devorador de navios, terem se encontrado com o lendário navio fantasma "Flying Dutchman"(Holandês Voador), uma erupção vulcânica submarina e deslizamento de terra, conseguem chegar a dez mil metros de profundidade, na ilha dos tritões. Os inimigos agora são os Novos Piratas Tritões, que querem matar os mugiwara por ódio aos humanos e também por uma visão em que Luffy destroi a ilha dos tritões , liderados pelo tritão tubarão branco Hody Jones, pretendendem tomar todo o reino ryugu e escravizar os humanos. Esta saga mostra a evolução dos personagens, Luffy e seu haki, Sanji usando geppou da CP9,Choper utilizando o kong fu point etc. Também é revelado sobre a arma Poseidon, que seria a Princesa, e que existe mais uma arma, chamada Urano (as três armas receberam o nome de três antigos Deuses Gregos, e ainda algumas informações sobre o século perdido, com o pedido de desculpas no Phoneglihph da ilha, destinada ao Joyboy. E na comemoração luffy come todos os doces que foram feitos para a big mon (um os 4 Yonkos) e com isso Luffy e Big Mom discute, luffy declara guerra contra ela, por ela ameaçar atacar a ilha dos tritões e tambem deixa claro que quando derrota-la deixara a ilha dos tritões sobre sua proteção. Alem disso Jinbe revela que mais tarde entraria na tripulação do Chapéu de palha, já que todos pediram para que ele entrasse, mas ele teria que resolver algumas coisas e sair da tripulação da Big Mom, e no fim, os chapéus de palha partem da ilha dos tritões, no caminho até a superfície eles encontram um bando de baleias similares a Laboon, então, a saga termina com eles chegando ao novo mundo com a ajuda das baleias. A saga começa no mangá 598 e termina no 654, no anime começa no episódio 517 até (episódio ainda não determinado).
Arcos:

• Reunião em Sabaody
• Ilha dos Tritões

Punk Hazard - Saga em andamento

A saga começa com os Chapéu de Palha que teriam acabado de chegar no meio das violentas águas do novo mundo, e Luffy se interessa em ir a uma ilha cheia de raios em volta, possivelmente a que Urouge o monge misterioso havia chegado a dois anos atrás, mesmo com nenhuma das três bussolas do novo Log Pose apontando para essa ilha então, eles recebem, através de um Den Den Mushi uma ligação de socorro vindo daquela ilha.
Então, eles vão para a ilha dividida em duas partes, uma de gelo uma de fogo, chamada Punk Hazard, mesmo correndo riscos de ser uma armadilha da marinha, então eles seguem para lá.
Com o decorrer dos capítulos, Punk Hazard se revela o local da batalha entre Aokiji e Akainu pelo posto de diretor da Marinha, onde Ceasar Clown está realizando experimentos secretos em pessoas (como o Barba Marrom) e Trafalgar Law também está na ilha (com intuitos desconhecidos).
Com a ajuda de uma nova técnica da Nami, Luffy, Zoro, Usopp, e Robin entram na ilha enquanto os outros ficam no navio, mas eles são capturados depois por ajudantes do Ceasar Crown (ficando apenas Brook por terem achado que estava morto). Também estão indo para aquela ilha o vice-almirante Smoker, e a capitã da marinha do G-5 setor da Grand Line, Tashigi, graças a um Den Den Mushi grampeador que captou o chamado de socorro a Luffy. Depois Franky, Chopper, Nami e Sanji vão para o laboratório e, com a ajuda de um samurai com apenas a cabeça, eles acham uma sala com crianças (que saem do laboratório juntos). Mas Trafalgar Law troca os corações deles ficando: Nami do corpo de Franky, Franky no corpo de Chopper, Chopper no corpo de Sanji, Sanji no corpo de Nami.depois Luffy Encontra Law que agora é um shishibukai e eles forman uma aliaça para derrotar um younkou(que ainda é desconhecido).
A saga começa no mangá 655.
Arcos:

• Punk Hazard