Em um planeta desértico, sobreviventes de um naufrágio espacial vêm desenvolvendo uma rústica sociedade, que só consegue sobreviver no ambiente seco graças a resquícios da tecnologia das naves caídas. A água tem de ser retirada de poços dos poucos veios subterrâneos disponíveis e a eletricidade é produzida por seres orgânicos que haviam sido criados com esse fim específico.

Nesse mundo onde a subsistência é difícil, muitos optam pelo crime, por isso há muitos pistoleiros, ladrões, latifundiários e mesmo mercadores de escravos, e como conseqüência há também caçadores de recompensa que os perseguem.

As cidades são poucas e muito distantes umas das outras. As maiores têm nomes de meses (Augusta, May e Julho, que foi destruída). O transporte entre elas é feito através de estranhos animais bípedes para as curtas distâncias, ônibus e carros para as médias e grandes locomotivas que não precisam de trilhos — os navios do deserto — para as grandes.

A água é obtida através de poços artesianos, e a série mostra ao menos uma cidade em que é usada como meio de extorsão da população. As áreas cultiváveis são igualmente raras e disputadas e demandam muito esforço para produzirem. A Tecnologia Perdida é também responsável pela produção de comida, água, etc.

Tanto os quadrinhos quanto o desenho animado mostram que todas as cidades humanas fazem parte de um governo federativo de tipo marcial que porém tem pouca autoridade não só porque existem demasiados vilarejos em partes remotas onde o exército não tem acesso mas também por causa dos ladrões que frequentemente tem habilidades fora do comum. A Companhia de Seguros Bernardelli, onde trabalham Meryl e Milly, é mostrada como a única organização que é aceitada e que consegue chegar aos vilarejos pequenos.

Trigun conta a história de Vash The Stampede, um pistoleiro nômade que viaja de cidade em cidade e tem um passado duvidoso. Toda cidade pela qual esse homem passa é totalmente devastada, causando prejuízos imensos, sendo esta a causa de seu apelido Tufão Humanóide (Estouro da boiada na versão brasileira).

É justamente por todo esse prejuízo que a Agência de Seguros Bernadelli manda 2 de suas agentes, Meryl Strife e Milly Thompson, para achar Vash e minimizar o estrago que ele sempre faz por onde passa. E as duas acabam descobrindo que Vash na verdade não é tão mau assim como conta sua lenda e que as cidades sempre são destruídas por motivos diversos, quase ao acaso.

Vash, o personagem principal da série, esconde um segredo que aos poucos vai sendo revelado durante o anime. Sempre procura evitar um dano letal. E apesar de atirar como ninguém, ele é extremamente desastrado e as vezes faz parecer que seu golpe de mestre não passou de um golpe de sorte. Sempre leva tudo com humor e adora crianças. Pórem possui uma fama terrível, a ponto de esvaziar uma praça só dizendo seu nome